ولم يتم إجراء أول مسح عبر البرزخ إلا بعد الاحتلال الفرنسي لمصر (1798–1801).حيث قام نابليون شخصياً بفحص بقايا القناة القديمة. حسب جي إم لو بير، كبير مهندسي خطوط الاتصالات، خطأً أن مستوى البحر الأحمر أعلى بـ 10 أمتار (33 قدمًا) من مستوى البحر الأبيض المتوسط، وبالتالي، ستكون هناك حاجة إلى الإقفال وبالنظر إلى الظروف المعاكسة التي عمل في ظلها المساحون الفرنسيون والاعتقاد السائد بالتفاوت في مستويات البحرين، كان الخطأ مبررًا، وتم قبول استنتاج لو بير دون انتقاد من قبل سلسلة من المؤلفين اللاحقين لمشاريع القناة ثم تم إجراء دراسات للقناة مرة أخرى في عامي 1834 و1846. وفي عام 1854، تلقى فرديناند دي ليسبس قانون امتياز من نائب الملك (الخديوي) في مصر، سعيد باشا، لبناء قناة، وفي عام 1856، مُنح قانون ثانٍ لقناة السويس بحيث. يحق لشركة القناة (Compagnie Universelle du Canal Maritime de Suez) تشغيل قناة بحرية لمدة 99 سنة بعد الانتهاء من العمل.

بدأ البناء في عام 1859 واستغرق 10 سنوات بدلاً من 6 سنوات كما كان متوقعًا. وقد أدت الصعوبات المناخية، ووباء الكوليرا في عام 1865، ومشاكل العمل المبكرة، إلى تباطؤ العمليات. كان المشروع الأولي هو قطع قناة صغيرة (الإسماعيلية) من الدلتا على طول وادي الطميلات، مع فرع جنوبي (يسمى الآن قناة السويس الحلوة؛ والقناتان مجتمعتان كانتا تسميان سابقًا قناة الحلو وهي . قناة مائية إلى السويس والقناة الشمالية (ترعة العباسية) إلى بورسعيد. لقد تم توفير مياه الشرب في منطقة قاحلة وتم الانتهاء منها في عام 1863. كان الحفر في البداية، يتم يدويًا باستخدام المعاول والسلال، ويتم تجنيد الفلاحين للعمل بالسخرة. وفي وقت لاحق، تولت الحفارات والمجارف البخارية التي يديرها العمال الأوروبيون زمام الأمور، وبما أن التجريف أثبت أنه أرخص من الحفر الجاف، فقد تم غمر التضاريس بشكل مصطنع وتجريفها حيثما أمكن ذلك. بخلاف المناطق القليلة التي صادفت فيها الطبقات الصخرية،

كانت القناة بأكملها منجرفة عبر الرمال أو الطمي.و في أغسطس 1869، تم الانتهاء من الممر المائي، وتم افتتاحه رسميًا باحتفال متقن في 17 نوفمبر.

تأسست شركة قناة السويس كشركة مساهمة مصرية ومركزها الرئيسي في باريس. وعلى الرغم من الفتور الرسمي المبكر، وحتى العداء، من جانب بريطانيا العظمى، كان ليسبس حريصًا على المشاركة الدولية وعرض الأسهم على نطاق واسع. لكن الفرنسيين فقط هم الذين استجابوا، حيث اشتروا 52% من الأسهم. ومن الباقي، استولى سعيد باشا على 44%. وضم مجلس الإدارة الأول ممثلين عن 14 دولة.

في عام 1875، أجبرت المشاكل المالية نائب الملك الجديد، إسماعيل باشا، على بيع ممتلكاته، والتي اشترتها الحكومة البريطانية على الفور (بتحريض من رئيس الوزراء بنيامين دزرائيلي). ظلت الأسهم حتى ذلك العام أقل من سعر إصدارها البالغ 500 فرنك لكل منها. في عام 1900 ومع الشراء البريطاني (بسعر 568 فرنكًا لكل منهما)، حدث ارتفاع مطرد إلى أكثر من 3600 فرنك وتم تخصيص 15% من صافي الأرباح في الأصل لمصر ، التي تخلت لاحقًا عن هذه النسبة، وبعد بيع أسهم إسماعيل البالغ عددها 176602، ظلت غير ممثلة في مجلس الإدارة حتى عام 1949، عندما أعيدت في الواقع كعضو في مجلس الإدارة وخصصت لها 7%. من إجمالي الأرباح. وفي ذلك العام، تم الاتفاق أيضًا على تقديم 90% من الوظائف الكتابية الجديدة و80% من التعيينات الفنية للمصريين، وأن تقوم شركة القناة بتوفير المستشفيات والمدارس وغيرها من المرافق.

في عام 1956، أي قبل 13 عامًا من انتهاء الامتياز، تم تأميم القناة من قبل الرئيس المصري جمال عبد الناصر، مما عجل بحدوث أزمة السويس. منذ ذلك الحين، مارست الحكومة المصرية سيطرة كاملة من خلال هيئة قناة السويس (SCA)، على الرغم من أن الشركة الأصلية (الآن GDF Suez) لا تزال موجودة في فرنسا كشركة مرافق متعددة الجنسيات. وعلى الرغم من أن القناة بنيت لخدمة التجارة الدولية والاستفادة منها. ظل وضعها الدولي غير محدد لسنوات عديدة. في عام 1888، وقعت القوى البحرية الكبرى في ذلك الوقت (باستثناء بريطانيا العظمى) على اتفاقية القسطنطينية، التي أعلنت أن القناة يجب أن تكون مفتوحة أمام السفن من جميع الدول في أوقات السلم والحرب. بالإضافة إلى ذلك، حرمت الاتفاقية الأعمال العدائية في مياه القناة وإقامة التحصينات على ضفافها. ولم توقع بريطانيا العظمى على الاتفاقية حتى عام 1904.

يتضمن تاريخ الاستخدام الدولي للقناة خلال زمن الحرب منع مرور السفن الحربية الإسبانية خلال الحرب الإسبانية الأمريكية عام 1898 والسماح بمرور سرب من البحرية الروسية خلال الحرب الروسية اليابانية عام 1905 وللسفن الإيطالية أثناء . غزو إيطاليا ​​لإثيوبيا في 1935-1936.

كانت القناة من الناحية النظرية، مفتوحة لجميع الأطراف المتحاربة خلال الحربين العالميتين الأولى والثانية، لكن التفوق البحري والعسكري لقوات الحلفاء حرم الاستخدام الفعال للقناة أمام شحن ألمانيا وحلفائها.

وبعد الهدنة بين إسرائيل وخصومها العرب عام 1949، منعت مصر إسرائيل وجميع السفن التجارية مع إسرائيل من استخدام القناة. حدثت أول عملية إغلاق للقناة خلال أزمة السويس 1956-1957، بعد أن هاجمت إسرائيل القوات المصرية، واحتلت القوات الفرنسية والبريطانية جزءًا من منطقة القناة. وحوصرت عدة سفن داخل القناة خلال هذا الحصار ولم تتمكن من المغادرة حتى أعيد فتح الطرف الشمالي في يناير 1957. وكان الإغلاق الثاني نتيجة للحرب العربية الإسرائيلية في يونيو 1967، والتي كانت القناة مسرحًا خلالها وبعدها. شهدت القناة الكثير من القتال بين مصر وإسرائيل وشكلت لعدة سنوات خط المواجهة بين الجيشين.إذ قامت مصر بتحصين طرفي القناة، واحتجزت 15 سفينة، تُعرف باسم "الأسطول الأصفر" بسبب رمال الصحراء التي تراكمت ببطء، في البحيرة المرة الكبرى بالقناة طوال مدة الحرب. قدمت الطواقم الدولية للسفن الراسية لبعضها البعض الدعم المتبادل والصداقة الحميمة، وفي عام 1969 تم السماح لمعظم أفراد الطاقم بالمغادرة. ومع إعادة فتح القناة في يونيو 1975 وتوقيع معاهدة السلام بين مصر وإسرائيل في عام 1979، تمكنت جميع السفن (بما في ذلك تلك المسجلة في إسرائيل) مرة أخرى من الوصول إلى الممر المائي، على الرغم من أن اثنتين فقط من السفن الـ 15 المحاصرة تمكنت من الوصول إلى الممر المائي. بقدرتها الخاصة.